Laureaat Philippe LEMEY

Plechtige uitreiking van de Francqui-Collen Prijzen door Zijne Majesteit de Koning
in het Paleis der Academiën op 6 juni 2023 (enkel op uitnodiging).

Philippe LEMEY
Klinisch & Translationeel Onderzoek

Loopbaan – Onderzoek – Jury verslag – Toespraken

 

Zijn loopbaan

Philippe Lemey werd geboren in Kortrijk op 10 augustus 1977. Na middelbare studies aan het St.-Jozefsinstituut in Kortrijk, studeerde hij Farmaceutische Wetenschappen aan de KU Leuven waar hij afstudeerde met de grote onderscheiding in 2000. Tijdens een stage aan de afdeling Klinische en Epidemiologische Virologie in het Rega Instituut onder supervisie van Prof. Marc Van Ranst groeide zijn interesse in virussen en raakte hij ook gefascineerd door de rol van bioinformatica in genetisch onderzoek. Daarom besloot hij een doctoraat te starten aan deze afdeling, ditmaal onder supervisie van Prof. Anne-Mieke Vandamme, waarvoor een beurs werd toegekend door het toenmalige agentschap voor Innovatie door Wetenschap en Technologie (IWT). Philippe bestudeerde de evolutie van humane retrovirussen en ontrafelde onder meer de oorsprong en epidemische verpreiding van specifieke varianten van het humaan immunodeficiencie virus (HIV). Om zijn kennis in computationele analyses verder te onwikkelen, combineerde hij zijn doctoraat met de ‘Master of Bioinformatics’ opleiding aan de KU Leuven.

Na het afleggen van het doctoraat in 2005, zette hij zijn loopbaan verder als postdoctoraal onderzoeker aan het Departement Zoologie, Universiteit van Oxford, eerst ondersteund door een beurs van de Europese Organisatie voor Moleculaire Biologie (EMBO) en vervolgens door een Europese Marie-Curie beurs. In deze nieuwe omgeving, legde hij zich nog meer toe op computationele analyses van diverse virussen en begon hij te werken aan de tweede editie van ‘The Phylogenetic Handbook’, een uitgebreid boek over de theorie en praktijk van fylogenetische en populatiegenetische analyses dat uiteindelijk in 2009 werd gepubliceerd en uitgroeide tot een referentiewerk in zijn discipline. Vooraleer Philippe terugkeerde naar het Rega Instituut, werd hij lid van het ‘Isaac Newton Institute for Mathematical Sciences’ in Cambridge tijdens het ‘Phylogenetics Programme’ in 2007.

Na een postdoctoraal mandaat ondersteund door het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek – Vlaanderen (FWO) aan de KU Leuven, starte Philippe in 2010 zijn eigen multidisciplinaire onderzoeksgroep aan het Rega Instituut. Ondersteund door een ERC starting grant van de Europese onderzoeksraad ontwikkelde hij met zijn team computationele methodologie om de verspreiding van virussen in kaart te brengen op basis van hun genetische informatie. Met behulp van een ERC consolidator grant werd dit nog verder uitgebreid en toegepast op verscheidene virussen zoals ebola, rabies, influenza en SARS-CoV-2 en werden ook moleculair biologische technieken geintegreerd om virale genetische data te produceren. Het belang van dit werk voor moleculaire epidemiologie en epidemische respons zorgde voor belangrijke translationele impact. Philippe’s onderzoek werd beloond door de prijs ‘Dr. Luc Broeckaert en Mevr. Annie Depreeuw 2014′ toegekend door de Koninklijke Academie van de Geneeskunde, de prijs van het ‘Centre d’Études Princess Joséphine-Charlotte’ (2017), en de internationale ‘Mitchell Prize’ in Bayesiaanse statistiek.

Philippe Lemey is gehuwd met Lieve Van Hoovels, Apotheker Klinisch Bioloog. Ze hebben twee geweldige dochters, Hanne (13 jaar) en Margot (9 jaar).

 

Zijn onderzoek

Waar komen nieuwe virussen vandaan en hoe worden we eraan blootgesteld? Hoe passen ze zich aan in een nieuwe gastheer en hoe ontwijken ze immuun responses? Op welke manier evolueren ze en verspreiden ze zich? Dit zijn enkele van de vragen waardoor Philippe werd aangetrokken om virussen te bestuderen op basis van hun genetische informatie. Initieel had hij een sterke focus op HIV, en met behulp van evolutionaire reconstructies toonde hij aan waar, wanneer en onder welke omstandigheden de twee voornaamste types van dit virus zich begonnen te verspreiden in de humane populatie. Hij toonde ook aan hoe de evolutie van het virus binnen de gastheer gerelateerd is met ziekteontwikkeling.

Door dit onderzoek en de opkomst van nieuwe technologieën om genetische data te bekomen, werd Philippe gemotiveerd om nieuwe statistische en computationele technieken te ontwikkelen die een maximale hoeveelheid aan informatie op een accurate manier kunnen extraheren uit sequentie data. Met nieuwe modellen die geïmplementeerd werden in een populaire software toonde hij met zijn team aan hoe de verspreiding van virussen in detail in kaart kan gebracht worden. Bovendien werden nieuwe data integratie methodes toegepast om de factoren te identificeren die aan de basis liggen van hun verspreiding. Deze methodologie was breed toepasbaar en liet bijvoorbeeld toe om de wereldwijde verspreiding van het seizoensgebonden griepvirus te ontrafelen, en het verschil in succes van verschillende varianten te relateren aan de manier waarop ze evolueren. De methodes konden ook toegepast worden om een genomische anatomie van de Ebolavirus uitbraak te creëren en om aan te tonen hoe het virus zich op grote schaal kon verspreiden. In een vervolgwerk illustreerde hij hoe dergelijke technieken ook toelaten om interventiestrategieën te evalueren. Toen dit virus opnieuw opdook in 2021, hielp Philippe met evolutionaire analyses aantonen dat dit te wijten was aan een persistente infectie met gereduceerde replicatie of latentie.

Tijdens de Ebola uitbraak in West-Afrika werd duidelijk dat virale genomische informatie een belangrijke rol kan spelen in de epidemische response. Philippe’s team deed daarom verder methodologisch onderzoek en ontwikkelde een manier om nieuwe informatie op een efficiënte manier te incorporeren in evolutionaire reconstructies. Daarnaast ondersteunde hij ook moleculaire surveillance met behulp van draagbare sequeneringstechnologie. Een voorbeeld hiervan is een samenwerking met het Bernard-Nocht Instituut in Hamburg die als doel had om de verhoogde incidentie van het Lassavirus in Nigeria te verklaren. Dit kon teruggebracht worden op een  verhoogde ‘spill-over’ van het knaagdierreservoir en was dus niet te wijten aan humane overdracht van bepaalde virusstammen. Dit bood belangrijke informatie voor de lokale gezondheidsinstanties om de verspreiding van Lassa in te perken.

De COVID-19 pandemie heeft nogmaals aangetoond hoe kwetsbaar onze maatschappij is ten opzichte van nieuwe virussen en welke inspanningen er nodig zijn om deze te bestrijden. Philippe heeft verscheidene bijdragen geleverd tot onze kennis van het SARS-CoV-2 virus en hoe deze epidemie is ontstaan. Samen met collega’s werd de evolutiegeschiedenis van dit virus in het vleermuisreservoir ontrafelt en ontkrachte hij complottheorieën over de oorsprong van het virus. Philippe ontwikkelde nieuwe methodes om reishistorie en humane mobiliteit te integreren in evolutionaire reconstructies. Met behulp van deze bracht hij de vroege wereldwijde verspreiding van het virus in kaart en toonde hij vervolgens aan hoe de tweede golf in Europa tot stand kwam door een groot aantal nieuwe introducties geassocieerd met het reizen tijdens de zomervakantie. Daarnaast bood Philippe ook een ondersteunde rol bij het onderzoek van collegas, zoals het vaccinonderzoek aan het Rega Instituut, en bood hij advies aan de Wereldgezondheidsorganisatie. Philippe vindt het ook belangrijk dat andere onderzoekers, en vooral de nieuwe generatie aan onderzoekers, toegang hebben tot de methodes die zijn team ontwikkelt en daarom ondersteunt hij verschillende internationale workshops.

 

Juryverslag (25 april 2023)

The 2023 Francqui Prize in Clinical and Translational Research is awarded to Professor Philippe Lemey who is undoubtedly among a handful of global leaders in the field of computational biology specialised in viral phylogeny and phylodynamic analysis. Trained both in pharmaceutical sciences and in bioinformatics, he combines insights in infection biology with the development of computational tools to understand origins and evolution of viruses of global public health importance. Basic insights from his fundamental research on viral replication processes have been incorporated in the development of software tools that within a short period of time have become the working horses of virology, viral bioinformatics, and viral epidemiology.  He has developed and co-developed key bioinformatics tools that have revolutionised the field of virology and our understanding of how viruses evolve, spread, cause impact and can be controlled.

In addition to its methodological value, his work has facilitated broad uptake, thanks to the user friendliness of the software produced, the open sharing of code, and his highly valued courses. Philippe Lemey has been a core teacher, training the new leaders in this field globally. His publication record testifies to the global impact of his work, addressing key questions in our understanding of emergence, spread, evolution and effectiveness of control measures of several major viral pathogens. These include the viruses causing Covid-19, dengue fever, Ebola haemorrhagic fever, acquired human immunodeficiency syndrome, Lassa fever, measles, rabies, rinderpest, swine influenza, West Nile fever and yellow fever.

The field of viral genomics is one of the most rapidly evolving fields in science, raising important new challenges that require fundamentally new ways of exploring viral evolution. Philippe Lemey is well positioned to continue to lead the field in a new era of big data applications needed to understand virology now and in the future.

In deze jury zetelden :

Hans Clevers obtained his MD degree in 1984 and his PhD degree in 1985 from the University Utrecht, the Netherlands. His postdoctoral work (1986-1989) was done with Cox Terhorst at the Dana-Farber Cancer Institute of Harvard University, Boston, USA. From 1991-2002 Hans Clevers was Professor in Immunology at the University Utrecht and, since 2002, Professor in
Molecular Genetics. From 2002-2012 he was director of the Hubrecht Institute in Utrecht. From 2012-2015 he was President of the Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences (KNAW). From June 2015-2019 he was director Research of the Princess Máxima Center for pediatric oncology. Since March 2022, Hans Clevers is Head of Pharma Research and Early Development (pRED) of Roche, Basel Switzerland.

– Voorzitter van de jury

Azad Bonni serves in an executive leadership role at Roche as Senior Vice President and Global Head of Neuroscience and Rare Diseases in pRED. He oversees a rich and differentiated portfolio from research to completion of Phase 2 trials. Before Roche, Azad was Head of Neuroscience at Washington University in St Louis, and prior to that Professor of Neurobiology at Harvard. Azad is an international leader in neuroscience who has made fundamental discoveries on mechanisms of neuronal connectivity in the brain. He received his MD at Queen’s University, neurology residency at McGill University, and PhD and postdoctoral training at Harvard University. Azad has trained over 40 exceptional graduate students and postdoctoral fellows, many of whom have launched their own independent laboratories at prestigious institutions. He has received numerous honors and awards including election to the American Association for the Advancement of Science, Royal Society of Canada, and National Academy of Medicine.

Boudewijn Burgering is professor in Signal transduction at the Center of Molecular Medicine ( University Medical Center Utrecht, the Netherlands ). His research revolves around the role of PI3K signaling in disease and ageing, with a focus on the role of the kinase PKB/AKT and the transcription factor family FOXO. He made some high impact discoveries in this field and is EMBO member and member of Dutch consortium Oncode, acting on various reviewing committees, including ERC and organizer of international meetings.

Anne Grapin-Botton studied at Ecole Normale Superieure (Cachan) and University Paris 7. She obtained a PhD from University Paris 6, focusing on nervous system development and studied endoderm development as a post-doc in Harvard University. Anne Grapin-Botton and her group investigate the impact of the cellular and organ architecture on the cells’ fate choices and how single cells act in a community to generate an organ. To do so, they use mouse genetics, live imaging in 3D and they developed 3D in vitro “organoid” culture systems modelling development. More recently they used human in vitro stem cell models investigate human development. These studies are intended to gain insight into human syndromes impairing pancreas development and they guide the generation of replacement beta cells for Diabetes therapy.

Guido Kroemer is currently Professor at the Faculty of Medicine of the University of Paris-Cité, Director of the research team « Metabolism, Cancer and Immunity » of the French Medical Research Council (INSERM), Director of the Metabolomics and Cell Biology platforms of the Gustave Roussy Comprehensive Cancer Center, and Hospital Practitioner at the Hôpital Européen George Pompidou, Paris, France. Dr. Kroemer’s work focuses on the pathophysiological implications of cell stress and death in the context of aging, cancer and inflammation. »

Akiko Iwasaki, Ph.D. is a Sterling Professor of Immunobiology at the Yale University School of Medicine. Her research focuses on the mechanisms of immune defense against viruses at mucosal surfaces, which are a major site of entry for infectious agents. Professor Iwasaki received her Ph.D. in Immunology from the University of Toronto and completed her postdoctoral training with the National Institutes of Health before joining Yale’s faculty in 2000. She has received many awards and honors and has been a Howard Hughes Medical Institute Investigator since 2014. She was elected to the National Academy of Sciences in 2018, to the National Academy of Medicine in 2019 and to the American Academy of Arts and Sciences in 2021. Professor Iwasaki has been a leading scientific voice during the COVID-19 pandemic and is also well known for her Twitter advocacy on women and underrepresented minorities in the science and medicine fields and has been named to the 2023 STATUS list of the ultimate list of leaders in life sciences.

Marion Koopmans is director of the Department of Viroscience at Erasmus Medical Centre in The Netherlands, the WHO collaborating centre for Emerging Infectious Diseases (EID), director for EID of the Netherlands Centre for One Health NCOH and scientific director of the Pandemic and Disaster Preparedness Centre in Rotterdam/Delft, The Netherlands.

Her research focuses on emerging infections with special emphasis on unravelling pathways of disease emergence and spread at the human animal interface. Koopmans coordinates the EU funded consortium VEO, which develops risk based innovative early warning surveillance in a One Health context, and is deputy coordinator of a recently awarded HERA funded network of centres of excellence for EID research preparedness.

Ton Logtenberg is an immunologist and professor in the Center for Translational Immunology in the University Medical Center Utrecht, The Netherlands. Ton is the founder and former President and CEO of Merus, a Nasdaq listed clinical-stage biotechnology company advancing targeted treatments based on multi-specific antibodies to address the unmet needs of cancer patients. He is the Chairman of the Board of biotechnology companies Synox Therapeutics and Mestag Therapeutics and a Board member of the Forbion European Acquisition Corporation. Ton is a Venture Parture at Forbion Capital Partners, a Dutch VC firm that invests in Life Science companies.

Tamara Schikowski is an Environmental Epidemiologist and is currently head of the research group ‘Environmental epidemiology of lung, brain, and skin aging’ at the IUF-Leibniz Research Institute of Environmental Medicine in Duesseldorf, Germany.
Her research is directed at understanding how long-term exposure to air pollution and other environmental influences can cause diseases in populations, in particular in vulnerable groups such as the elderly and children. She is PI of several large-scale cohort studies and is involved in many national and international projects in China, India, and Japan. She is an executive board member of the German National Cohort (NAKO).

– Leden van de jury

 

Toespraak van Graaf Herman Van Rompuy
President van de Francqui Stichting

Het doet goed aan met velen hier aanwezig te zijn in tegenstelling tot de coronatijd. Toen waren we hier maar met enkelen, weliswaar steeds in aanwezigheid van Z.M. de Koning die eraan hield ook in kwade dagen de hoogste wetenschappelijke onderscheidingen in ons land persoonlijk uit te reiken. Ik zeg dat omdat één van onze twee laureaten nl. professor Philippe Lemey bekroond wordt omwille van zijn baanbrekend onderzoek om de verspreiding van virale infecties tegen te gaan. Wij zijn met de Francqui Stichting de pandemie dus niet vergeten. We mogen niet in de val trappen van het hedendaagse ‘actualisme’ waar de bladzijde te snel wordt gedraaid en waar soms te weinig lessen getrokken worden uit de geschiedenis, zelfs de recente geschiedenis. Soms trekt men te snel conclusies, soms vergeet men te snel. In goede en kwade tijden moeten wij luciede blijven en elk feit juist beoordelen. Dat wordt wijsheid genoemd.

In het algemeen moeten we blijven denken aan de langere termijn. We mogen niet toegeven aan het grote ongeduld dat onmiddellijke resultaten vraagt, ook van research. Wetenschappelijk onderzoek en ontwikkeling zijn de grootste investering in de toekomst, zowel het fundamenteel als het toegepast onderzoek. Daarom is het werk inzake de verspreiding van kankers van onze andere laureaat van de Francqui-Collenprijs professor Sarah-Maria Fendt zo belangrijk. Ook zij behoort tot de KU Leuven. We zijn een land van belangrijke verwerkende farmaceutische nijverheid zowel in het Noorden en als in het Zuiden van België maar we zijn eveneens in het koppeleton inzake medisch onderzoek. De pandemie heeft ons allen getroffen en de strijd tegen kanker heeft een grote steun bij de bevolking mede door de acties van ‘Kom op tegen kanker’. De Francqui-Collenprijs sluit dus nauw aan bij de zorgen en angsten van een grote meerderheid van onze landgenoten. Er is geen kloof tussen onze agenda en die van de burgers van dit land.

We danken dit vooral aan de internationale jury onder de leiding van professor Hans Clevers die zelf een zeer vooraanstaand onderzoeker is aan de universiteit en daarbuiten. De jury houdt geen rekening met onze vele interne subtiele evenwichten maar kiest voor de besten, ‘merit based’. We danken ook Prof. Pierre van Moerbeke die gans het proces van de jury begeleidt van begin tot einde. We danken Prof. Désiré Collen voor zijn edelmoedigheid en zijn steun aan wetenschappelijk onderzoek waarin hij zelf zo excelleerde.

De internationale jury heeft de twee prijzen toegekend na uitgebreide deliberaties. Hun besluiten zijn de volgende.

Sarah-Maria Fendt concentre sa recherche fondamentale sur les métastases des cellules cancéreuses, en particulier sur les nutriments dont les cellules cancéreuses ont besoin pour proliférer dans d’autres parties du corps. Sarah-Maria Fendt et son équipe ont découvert que ces cellules se nourrissent différemment en fonction de l’endroit où elles se propagent. Ce processus porte le nom de formation de métastases. De plus, ses recherches ont montré qu’en ciblant la transformation des nutriments, il est possible de diminuer la multiplication des cellules cancéreuses et leur prolifération dans des organes distants. A l’heure actuelle, la plupart des patients atteints d’un cancer décèdent à cause des métastases. Les découvertes de Madame Fendt et son équipe ouvrent la voie à de nouveaux traitements susceptibles de sauver des vies humaines.

Le professeur Fendt ne s’intéresse pas seulement à la nutrition des cellules cancéreuses en prolifération, mais aussi à l’alimentation des patients. Dans ses recherches sur les souris, elle a constaté qu’un régime riche en graisses favorisait la dispersion du cancer. Dans une prochaine étude, Madame Fendt et son équipe veulent découvrir que certains régimes alimentaires peuvent également prévenir la propagation du cancer.

Wetenschappelijke vondsten kunnen soms gevaarlijk zijn. Denk aan de atoombom of vormen van artificiële intelligentie maar bij kankeronderzoek is er geen twijfel. Hun doel is het redden van een onnoemlijk aantal mensenlevens of het vrijwaren van de kwaliteit van het leven. Dat is zinvol op zichzelf. En als ik zeg zinvol dan betekent dit dat het ten dienste staat van andere mensen. Dat kunnen ook U en ik zijn want de ziekte maakt geen onderscheid tussen mensen.

Grâce à ses recherches appliquées, Philippe Lemey a, de son côté, mis au point des outils importants pour lutter contre la propagation des virus. Ces outils, implémentés dans le logiciel « BEAST », cartographient le code génétique des virus en temps réel et permettent aux gouvernements et aux professionnels de la santé d’avoir rapidement une vision plus claire sur l’apparition d’un virus afin de prendre des mesures immédiates pour enrayer sa dispersion. Le programme a par exemple joué un rôle déterminant lors de l’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest (2014-2016) et de l’épidémie de Lassa en Afrique centrale (2018).

Aujourd’hui, le logiciel, auquel Philippe Lemey contribue depuis 2004, est considéré comme le cheval de bataille mondial de l’épi-démiologie génomique. Il a révolutionné la virologie et notre compréhension de l’évolution des virus, de leur propagation, de leur impact et de la manière dont ils peuvent être contrôlés.

De pandemie heeft ons de virologie en virologen helpen ontdekken. Ze hebben samen met de overheden en dank zij de discipline van de overgrote meerderheid van onze medeburgers, miljoenen mensenlevens gered over gans de wereld. Hier ook hoeft men zich geen vragen te stellen over de zin van het wetenschappelijk onderzoek. Het is vanzelfsprekend.

La rationalité de la science contraste fortement avec l’irrationalité que l’on trouve trop souvent ailleurs. Il n’y a pas d’argument rationnel et éthique pour justifier une guerre -en plus cruelle-  de conquête ou pour envisager une telle guerre. Aujourd’hui, il y a même des menaces de guerre nucléaire. Le nationalisme nostalgique ou impérial est une maladie que nous pensions appartenir au monde d’hier. Nous nous sommes trompés. Bien sûr, nous devons répondre à la peur et à l’incertitude, mais nous ne devons pas contribuer à renforcer ces émotions négatives.

De rede en de redelijkheid tesamen met de klassieke deugden van voorzichtigheid, moed, gematigdheid en rechtvaardigheid zijn de enige kans op een goed leven voor iedereen. Alleen in dat klimaat kan er creativiteit, innovatie en onbevangen onderzoek zijn. Alleen in dat geestelijk klimaat kunnen wij het grootste probleem van onze tijd aanpakken m.n. het klimaat zelf. De universiteiten hebben de roeping hieraan te blijven meewerken. Veel staat op het spel. We leven niet in een ‘business as usual’.

De wetenschappers die we vandaag huldigen zijn niet alleen uitzonderlijke onderzoekers maar getuigen ook van een ethische gedrevenheid om het goede te doen. We staan allen ten dienste van de gezondheid en het welzijn van mensen, ten dienste van het algemeen belang, de bonum commune. De Francqui-Collen prijs staat ook ten dienste van dit idee en van dit ideaal.

Tous ceux et celles qui sont réunis ici et beaucoup d’autres à l’extérieur de cette salle, sont fiers de voir que des hommes et des femmes de chez nous sont reconnues bien au-delà de nos frontières. Nous voulons les remercier aujourd’hui  dans leur propre pays.

Je les félicite une nouvelle fois.

 

Toespraak van Professeur Philippe Lemey

Sire,

Eerst en vooral wil ik U bedanken om deze bijeenkomst te blijven steunen met uw aanwezigheid. Het is een belangrijk teken van appreciatie voor de wetenschap in dit land, zeker in tijden waarin vertrouwen van de samenleving in de wetenschap niet zomaar voor de hand ligt.

Geachte voorzitter, zeer geachte Dames en Heren, Chers Mesdames et Messieurs,

De lijst van laureaten in de voorbij jaren voor deze prestigieuze Francqui-Collen prijs is ronduit indrukwekkend, het stemt mij dan ook tot grote nederigheid om hier vandaag te kunnen staan. Virussen zijn de voorbije jaren vaak, wellicht veel te vaak, in het nieuws gekomen. We zijn allemaal getuige geweest hoe ze de wereld op zijn kop kunnen zetten, onze gezondheid kunnen aantasten en onze maatschappij kunnen ontwrichten. Maar we staan er ook niet machteloos tegenover. Vanuit de gezondheidszorg en wetenschap werden enorme inspanningen geleverd om COVID-19 te bestrijden en ook het Rega Instituut in Leuven leverde belangrijke bijdragen.

Les virus sont les entités biologiques les plus répandues sur terre.  Ils existent dans toutes les formes de vie que nous connaissons et ils sont probablement apparus très tôt au cours de l’évolution des premières formes de vie. Certains circulent depuis très longtemps dans l’humanité, d’autres ne sont apparus que récemment. Pour un grand nombre de virus une part importante de leur succès réside dans la vitesse à laquelle ils évoluent. Cela leur permet de s’adapter rapidement à un nouvel hôte et de contourner nos défenses immunitaires. Mais cela fait aussi de leurs génomes une source d’information importante pour reconstituer leur histoire évolutive et leur propagation.

Dat we hiermee aan de slag kunnen in de epidemiologie, weten al sinds enige tijd. Om deze moleculaire informatie te hanteren, hebben we krachtige computationele methodes en statistische modellen nodig die gestoeld zijn op principes uit de evolutiebiologie. Met behulp van dergelijke bioinformatica analyses, hebben we bijvoorbeeld kunnen achterhalen hoe het humaan immuundeficientie virus, de oorzaak van de AIDS pandemie, de sprong gemaakt heeft van aap naar mens rond het begin van de 20e eeuw, zich verder verspreid heeft in Centraal Africa om vervolgens via de Carraiben uiteindelijk in de Verenigde Staten te worden geintroduceerd, waar het pas decennia later als het AIDS virus ontdekt wordt. Dergelijk onderzoek is een vruchtbare bodem voor multi-disciplinariteit; ik heb dan ook het geluk had om op dergelijke projecten te kunnen werken met medici, historici en anthropologen.

Les progrès technologiques ont généré une augmentation considérable du volume des données génétiques, et la manière dont nous pouvons traiter et transformer ces données en connaissances utiles a pris une importance cruciale. Pour le COVID-19 plus de 15 millions de génomes ont déjà été obtenus. Pendant la plus importante épidémie qui lui a précédé, à savoir l’épidémie d’Ebola en Afrique de l’Ouest durant les années 2014 à 2016, il ne s’agissait encore que de 1 500 génomes. Mais c’est à cette époque que les bases ont été posées pour faire de l’épidémiologie moléculaire un élément clé de la réponse épidémique. De nouvelles technologies de séquençage ont été implémentées pour pouvoir générer rapidement des génomes viraux. La certitude s’est imposée que l’analyse des génomes viraux pouvait contribuer à la recherche des contacts. Et lorsque nous avons pu avec des collègues intégrer toutes les données issues des différents efforts indépendants, il a été possible de reconstituer une image détaillée de la propagation du virus. Il est apparu clairement à beaucoup d’entre nous que nous pouvions prendre une nouvelle orientation avec cette recherche; une nouvelle orientation qui ne concernait pas tellement les reconstructions historiques, mais qui pouvait fournir des informations importantes au cours de la propagation d’une épidémie.

Met moleculaire epidemiologie genezen we geen patienten, maar we kunnen tot inzichten komen om interventiestrategieen te ontwikkelen waarmee het aantal infecties kan ingeperkt. Dat is het translationeel aspect van onze discipline. Een concreet voorbeeld hiervan was toen in 2018 de incidentie van het Lassa virus, dat net zoals Ebola ernstige hemorragische koorts kan veroorzaken, enorm toenam in Nigeria waar dit virus endemisch is. De vrees was dat een nieuwe variant zich gemakkelijker van mens tot mens kon overdragen. Met collegas konden we toen heel snel de virussen karakteriseren die verantwoordelijk waren voor deze uitbraak. We konden hiermee aantonen dat het om een grote overdracht ging van knaagdiervirussen op de mens en dit was belangrijke informatie voor de lokale gezondsheidinstanties; in plaats van te focussen op overdracht tussen mensen, was er een nood aan sanitaire maatregelen en ongediertebestrijding.

La lutte contre les maladies infectieuses nécessite les efforts de toute une communauté de chercheurs et implique différents acteurs issus des autorités sanitaires et de divers domaines de recherche. Je suis ravi que ce prix mette en lumière le travail computationnel. La Bioinformatique a longtemps été considérée comme une discipline soutenant d’autres domaines de recherche, et c’est toujours le cas. Mais elle joue de plus en plus un rôle central et elle jette des ponts entre les domaines de recherche. Les méthodes que nous avons mises au point pour étudier les virus sont également utilisées en bactériologie, en biologie évolutive au sens large et même au-delà, comme en linguistique historique. Que les connaissances de la biologie évolutive puissent avoir un impact important sur les sciences médicales a également été démontré par le prix Nobel de médecine décerné l’année dernière à Svante Pääbo pour ses découvertes sur l’évolution humaine.

Isaac Newton zei ooit « als ik wat verder heb kunnen zien, is het omdat ik op de schouders van reuzen sta ». Dit principe is algemeen van toepassing in de wetenschap. We bouwen verder op inzichten en ontwikkelingen van anderen en het is belangrijk dit te onderkennen. Ik kan vele namen noemen uit de epidemiologie, de statistiek en de evolutionaire biologie die allemaal cruciale bijdragen hebben geleverd tot de inzichten en mogelijkheden die we nu voor handen hebben. Maar ik wil vandaag vooral de mensen bedanken die mij hebben ondersteund en mij de kans hebben gegeven om op mijn beurt bij te dragen aan de wetenschap. In de eerste plaats bedank ik Annemie Vandamme en Marc Van Ranst die mij de eerste stappen lieten zetten in de wetenschap en bij wie ik nog steeds terecht kan voor advies. Ik wil ook collegas bedanken aan onze afdeling, ons department en ver daarbuiten. Ik denk ook aan internationale collegas waarvan er een aantal hechte vrienden zijn geworden. Ik ben Erik De Clercq en Piet Herdewijn, beide professoren emeriti, uit het Rega instituut dankbaar om mijn kandidatuur te ondersteunen voor deze prijs. Erik, mijn respect voor wat jij hebt betekent voor het Rega en het antiviraal onderzoek is enorm. Ik ben de huidige en vroegere leden uit mijn onderzoeksgroep dankbaar — zij zijn het die de concrete inspanningen leveren op de werkvloer en niets schept meer genoegen in deze job dan hen zelf te zien uitgroeien tot onafhankelijke onderzoekers. Het is ook belangrijk om de financieringsinstanties te bedanken, in mijn geval het Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek Vlaanderen en de Europese Onderzoeksraad. Ik hoop dat zij, net zoals de Francqui stichting kunnen blijven inzetten op fundamenteel en translationeel onderzoek met innovatief karakter.

Ik ben vrienden en familie erkentelijk, en mijn ouders in het bijzonder. Ik denk aan mijn overleden vader van wie ik de liefde voor zowel de wetenschap als de informatica heb overgeërfd. En tenslotte ook mijn eigen gezin. Lieve, je hebt zelf een veeleisende job en je zet je eigen stappen in de wetenschap. Maar toch blijf je het voorbeeld geven hoe ons gezin, Hanne en Margot, centraal te zetten. En we krijgen hierbij ook veel steun van onze ouders.

Sire, chers invités,

C’est un grand honneur de recevoir de vos mains ce prix pour la recherche clinique et translationnelle. C’est une énorme motivation pour poursuivre cette recherche avec cœur et âme dans les années à venir. J’espère de cette façon également inspirer la prochaine génération de jeunes chercheurs.

Je vous remercie de tout cœur.  Ik dank u allen van harte.